Le indagini microbiologiche sono effettuate su matrici alimentari (preparazioni gastronomiche, materie prime). Sono volte alla ricerca e individuazione di microrganismi che possono indicare una scarsa qualità igienica e microrganismi che costituiscono un potenziale rischio per la salute umana. L'analisi microbiologica si basa essenzialmente sulla semina di un’aliquota di campione, opportunamente preparato, su terreni idonei, distribuiti in piastre, seguita da un periodo d’incubazione in idonee condizioni colturali ed osservazione finale per evidenziare eventuali microrganismi contenuti nel campione alimentare in esame.